生态文明建设是中国特色社会主义事业的重要内容，关系人民福祉，关乎民族未来。建立水环境生态补偿机制是贯彻落实科学发展观的一项重要举措，有利于加快生态文明建设，实现不同地区、不同利益群体的和谐发展。由于涉及到复杂的利益关系调整，并受制于多重因素影响，当前水生态补偿机制建设存在着一些问题和不足。
当前水环境生态补偿机制建设存在以下几个方面的问题:
一是缺乏保护意识。人们生态环境保护的意识不够，重经济轻生态现象仍然严重，为了获得眼前利益，几乎不顾及环境代价。地方政府仍然重视GDP评价，放开环保口子，提供优惠条件，招商引资，发展工业。一批产业层次低、高消耗、高污染的项目在经济欠发达的生态保护区落户。有的企业为获得更高的利润，缩减对环境保护的资金投入，有些废弃物甚至没有经过任何过滤和处理就直接排放到了江河 ，对整个流域的环境造成巨大的破坏。
二是工作力度不足。基础工作和技术支撑不到位，生态补偿标准体系、生态服务价值评估核算体系、生态环境监测评估体系建设滞后，生态补偿的标准难以达到定量分析。政策法规建设滞后，生态补偿机制的具体内容和基本环节尚未建立，生态补偿立法远远滞后于生态问题的出现和生态管理的发展速度，资源开发、生态服务功能价值评估等具体补偿工作缺乏依据。
三是水生态补偿资金来源和方式比较单一。从资金渠道看，目前水生态补偿最主要的资金来源是中央财政转移支付，地方政府和企事业单位投入、优惠贷款、社会融资等其他渠道明显缺失。产业扶持、技术援助、就业培训等补偿方式未得到应有的重视。此外，补偿资金支付和管理监督不完善，有的地方资金没有做到及时足额发放，有的甚至出现挪用资金现象。
四是水生态补偿协调机制还未完全建立。目前，生态环境保护管理直接涉及林业、农业、水利、环保等多个部门，这些部门主导着生态保护政策的制定和执行，生态补偿实际上成为“部门利益”主导的补偿，管理职责交叉，在监督管理、整治项目、资金投入上难以形成合力。涉及多个部门实施生态补偿时，由于缺乏完善的协调机制，部门间的协调性不强。
因此，必须进一步健全水生态补偿机制，为生态文明的建设推波助澜。习近平总书记在十九大报告中指出，加快生态文明体制改革，建设美丽中国。建立和完善水生态补偿机制，必须认真落实科学发展观，以统筹各区域的协调发展为主线，以体制创新、政策创新和管理创新为动力，坚持“谁开发谁保护、谁受益谁补偿”的原则，因地制宜选择生态补偿模式，不断完善政府对生态补偿的把控手段，充分发挥市场机制作用，动员全社会积极参与，逐步建立公平公正、积极有效的生态补偿机制，推动各个区域走上生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路。具体来说，我们该如何去解决？
第一，进一步加强水生态补偿宣传教育力度。使各级领导干部确立提供生态公共产品也是发展的理念，使生态保护者和生态受益者以履行义务为荣、以逃避责任为耻，自觉抵制不良行为。引导全社会树立保护生态人人有责的思想，营造珍惜环境、保护生态的好氛围。提升全社会生态补偿意识，使“谁开发谁保护、谁受益谁补偿”的意识深入人心。
第二，提供更加充足的科技和理论支撑，进一步完善政策法规体系。探索加快建立生态补偿标准体系、生态服务价值评估核算体系、生态环境监测评估体系，研究制定自然资源和水生态环境价值的量化评价方法。要完善有关水生态补偿的政策法规，尽快出台水生态补偿条例和实施细则，为水生态补偿的规范化运作提供保障。
第三，加快推动建立水生态补偿的多元化投入机制和多样化补偿模式。加快建立“环境财政”，加大财政支付中生态补偿的力度。在中央和省级政府设立专门的生态建设资金列入财政预算，市级和县级财政也要加大对生态补偿和生态环境保护的支持力度。制定鼓励性措施，引导一批企事业单位和社会力量通过资金投入、优惠贷款、社会捐赠等渠道参与水生态补偿。要建立水生态补偿“造血”机制，进一步丰富水生态补偿的形式，减少纯资金补偿的“输血”方式，以确保补偿资金合理、高效用于水生态保护和修复。加大生态脱贫的政策扶持力度，加强生态移民的转移就业培训工作，加快群众脱贫致富进程。
最后，加强组织领导，建立完善水生态补偿协调机制。应理顺和完善管理体制，克服多部门分头管理、各自为政的现象，加强部门、地区的密切配合，整合生态补偿资金和资源，形成合力，共同推进生态补偿机制的加快建立。要进一步明确有关利益主体的权责，强化对利益主体的监管和考核评价，逐步建立事权清晰、监管高效的水生态补偿协调机制。