作为行使国家职能和提供社会公共服务的主体，行政事业单位在我国政治经济生活中发挥着重要的作用。随着经济的不断发展，社会环境愈加复杂，行政事业单位面临更多挑战。严控则强，失控则弱，无控则乱，不控则败，行政事业单位加强内部控制建设具有重要的理论意义和实践价值。
(1)内部控制建设是提高行政事业单位管理水平的必然要求。在当前形势下，行政事业单位迫切需要进一步提高管理水平。从行政事业单位内部来讲，虽然近些年来单位财务管理水平和经济活动的合规合法性总体上不断提升，但是我国行政事业单位在内部管理上仍然存在以下突出问题：内控意识相对薄弱；内控制度实用性差，缺乏可操作性；会计核算基础薄弱；岗位分工控制不到位，不合理兼岗现象较为普遍；财务与业务脱节，资产管理有缺陷；费用支出方面缺乏有效控制；预算控制相对弱化；监督考核制不到位等。随着社会主义市场经济的不断发展，行政事业单位职能的充分高效发挥面临着前所未有的挑战，加强内部控制建设也就显得尤为重要。
有效的内部控制可以在单位决策执行过程中及时进行风险评估和信息反馈，发现、纠正决策执行中存在的问题，从而保证决策执行的可行性和科学性，提高单位的管理水平。因此，不管是从单位内部还是单位外部，内部控制建设都是提高行政事业单位管理水平的必然要求。
（2）内部控制建设是加强廉政风险防控机制建设的必然要求。事业无数历史经验教训告诉我们，一个政党的灭亡很多时候不是来源于外部，而是来自于内部。在行政事业单位中，许多干部违法违纪现象频发，屡禁不止，例如，有些领导干部利用资源配置的权力贪污受贿，有些身处资产保管或采购岗位的干部监守自盗，造成大量国有资产流失，还有一些干部对资产闲置、资源浪费等不合理现象视而不见。这些不仅折射出干部的个人作风问题，也反映出某些行政事业单位制衡机制上的缺失，正是这种缺失极个别违法违纪人员提供了便利使他们的权力运行失去了监督，偏离了方向。将清廉和贪腐寄予个人道德修养，本身是不可靠的。趋利避害是人之本性，如果收益极大、成本很低，那么大多数人都会趋之若鹜；如果处罚很严、成本很高那么大部分人都会远远避之。正如中共中央总书记习近平同志所说：“如果任凭腐败问题愈演愈烈，最终必然亡党亡国。”为此，他进一步指出：要加强对权力运行的制约与监督，把权力关进制度的笼子中，形成不敢腐惩戒机制，不能腐防范机制，不易腐保障机制。有效的内部控制能够起到制度笼子的作用，通过对事物的事前、事中、事后全程控制，健全完善权力运用监督体系，加大贪污舞弊成本，约束自由裁量权，形成不能腐的防范机制和不易腐的保障机制，有效防范贪污腐败。
因此，内部控制建设是加强廉政风险防控机制建设的必然要求。实际上，内部控制在方向、思路、内容、方法上与中纪委积极推动的廉政风险防控机制建设是基本一致的，只不过，内部控制管的是事，而廉政风险防控管的是人，其思路都是从风险出发，只不过，内部控制是从单位内部经济活动风险管控这一角度出发落实廉政风险防控的具体要求。