2008年剧场版——骑拉帝纳与冰空的花束洁咪 篇一
[反转世界]。.。是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是冥王龙栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，反转世界也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的冥王龙找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。
另一方面，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有[花媚]之称的感谢神奇宝贝雪米。被卷入迪亚鲁加和基拉提那的战斗的雪米在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的Shaymin前往神奇宝贝中心。
雪米用心电感应将小智一行带到了它的格拉西玳亚（グラシデア）花园，并告诉他们在这[格拉西玳亚之花]中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉雪米的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了[次元旋涡]，将火箭队、雪米连同小智一行人一起全部带往了反转世界。
从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。
就在这时，骑拉帝纳突然出现，向雪米发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫无限的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。
正在小智一行在无限的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰[百万力霸]的谜之青年，ZERO出现了。和雪米一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过ZERO的追踪。
。.。前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”！
2005年剧场版——梦幻与波导的勇者路卡利欧 篇二
持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着「波导传说」的城镇：欧鲁德朗城。在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导之勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之宠物小精灵“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了身影。与此同时，“迷之宠物小精灵”「路卡利欧」数百年前的封印被解开，在小智面前显现了身影的！皮卡丘在哪？梦幻的目的是什么？还有，隐藏在路卡利欧身上的过去和波导传说的秘密是什么？
带着所有谜团，小智与路卡利欧一起朝向世界初始之树开始了冒险。
2016年剧场版——波尔凯尼恩与机巧的玛奇亚娜 篇三
在以口袋妖怪大师为目标持续旅行的小智与伙伴们面前，一个包覆白烟的巨块从天而降。
一片白烟翻滚之中，出现的是幻之精灵·波尔凯尼恩。
无视面露忧色的小智，讨厌人类的波尔凯尼恩准备离开。
但由于下落的冲击，小智与波尔凯尼恩之间被奇妙的装置连接在一起，分也分不开了！
被飞奔而出的波尔凯尼恩拉着走的小智，来到了各处都有巨大齿轮运转的超机关都市·阿佐特王国。
波尔凯尼恩为何从天而降？又为何前往阿佐特王国！？
以机械架构的机关王国为舞台，口袋妖怪史上最炽热的传说开始了！
2002年剧场版——水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯 篇四
世界上最美丽的城市-水之都，小智一行人在那里遇见了拥有不可思议的力量的神奇宝贝，它们在这个城市里守护著传说中的宝物--【心之水滴】。
有两个世界级的怪盗，看中了心之水滴，并且以这为目标来下手，随著心之水滴所隐藏的封印即将被解除、城市将被大洪水吞没了！小智和皮卡丘有办法平安的渡过危机吗？
2001年剧场版——雪拉比穿越时空的遭遇 篇五
在森林的入口，雪成”与少女“永久”邂逅了。接受了永久说的“如果你听到了森林的声音，就不能乱走动”的忠告后，雪成走进了森林。
雪成在森林里为了守护被猎人追捕的“雪拉｛｝比”，被“穿梭时空的力量”卷入，带到了40年后的未来。在40年后的世界，雪成认识小智他们。但是在这世界里，火箭队史上最强的男人“比夏斯”正打算捕猎雪拉比。
比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智与雪成拚命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化……
激烈的对战中，传说中的神奇宝贝“水君”出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢！？