随着税收征管改革的不断深化和税收主业的不断聚焦，党建工作在保障和服务税收中心工作方面遇到了新挑战。经过深入调研，我们认为主要有三大问题制约着税收工作和党建工作的融合发展。
一是“重业务轻党建”现象依然存在。部分领导“第一责任人”意识不强，对“抓好党建是最大政绩”存在认识上的偏差，认为地税部门是业务部门，抓好税收业务就好了。有些还担心抓党建工作会影响到中心工作的开展，人为地把两者割裂开来，甚至对立起来。基层党组织班子整体功能不强，缺谋划、欠统筹，往往以工作忙、人手紧张等为由，对党建工作投入精力、人力不多。个别支部书记做形式上的责任人，党务干部成了党建主要责任人，多数党员干部成为了“过路人”，党建工作缺乏新形势下的思路与办法。
二是少数党员未发挥先锋作用。少数党员干部不仅没能在工作实践中起表率作用，反而经常讲风凉话、做后进事，损害了党在群众中的形象和威信。个别党员党性观念淡化，理想信念不够坚定，牢骚满腹、思想滑坡，认为搞改革、抓融合只会带来工作上的负担。有的党员干部不能正确处理单位与个人对党建与税利益的关系，甚至“对自己有利的事情抢着干，无利的事情不想干，不利的事情对着干”。有些党员干部满足于已有的成绩和地位，缺乏开拓创新精神和再创佳绩的积极性。党员与群众在作用、表现及形象等各方面的模糊，最终导致两者概念上的“模糊化”。
三是“两张皮”问题没有彻底解决。组织收入是税务系统的中心工作，涉及到单位和个人工作绩效考核等多项内容。支部书记、支委和党务干部往往都是业务骨干，对组织生活制度有的流于形式，对党员干部的教育、管理和监督往往失之于宽、失之于软。少数党组织认为党务工作可有可无，没有真正将党建工作摆上应有的位置。由于税务部门是根据属地市委工作安排做党建工作，按照省局的要求落实业务工作，导致党建工作和税收工作在认识和做法上都存在不到位的情况，结合点较少。一些单位对挖掘宣传党员干部典型等党建工作激励机制运用不多，各项工作缺乏相互衔接，阻碍了党建与税收的深度融合。