《琼崖纵队》以琼崖革命武装斗争“二十三年红旗不倒”为主线，从王文明、杨善集、冯平、冯白驹等众多琼崖英雄的革命生涯展开讲述。
为解放海南，叶剑英、邓华、赖传珠等召开作战会议，符振中、马白山出席会议，会议最后确定了渡海作战，采取“积极偷渡、分批小渡与最后登陆”相结合的作战方针，与琼崖纵队里应外合，夹击敌人。毛主席认为我们为什么能解放海南岛，有很多优势，第一个优势就是有琼崖纵队，有冯白驹，二十三年红旗不倒，解放海南岛，有了冯白驹，省了很大的事儿。冯白驹选在敌人海防相对较弱的儋县海头港至白马井作为偷渡的登陆点，渡海先锋营与琼崖纵队指战员胜利会师。渡海部队分两批四次在琼崖纵队的有力配合下偷渡成功，为野战军主力、大规模渡海登陆作战创造了极为有利的条件。
海南岛全境解放，使得海南岛进入了历史的新纪元。解放海南岛战役的胜利，创造了木船、打败国民党军舰的奇迹，在中国人民战争史上，谱写了光辉的一页。解放海南岛的胜利，是琼崖党组织及其领导下的琼崖人民和武装力量的胜利，是战无不胜的人民解放军的胜利，是中国共产党的胜利，是中国人民革命斗争的胜利。
纪录片真实再现党领导下的琼崖革命的峥嵘岁月以及革命先辈在孤岛上为解放海南的历史谱写下壮丽的篇章，给后人留下了不朽的丰功伟绩，他们百折不挠、浴血奋战的英雄气概，艰苦卓绝、舍生忘我的大无畏精神，为全中国的解放事业作出来了巨大贡献，我们缅怀长眠于此的革命先烈，我们肃然起敬。